1、靠見效速度評價商品好壞微生物肥料效果的發揚與微生物菌群繁衍速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這一點是與化學肥料和植物調理劑的區別，這也就出現了微生物肥料速效性不如化學肥料與植物調理劑的現象。見效慢并不意味著微生物是無效果的，能在較長工夫內就可以看到作物長勢清楚改善的品種也未必是好的長治菌肥或菌劑，其中也不乏一些添加了植物調理劑的品種。

2、種類混亂，分不清運用的是菌劑還是長治菌肥微生物肥料包括復合微生物肥料和生物無機肥：復合微生物肥料是有益微生物與營養物質復合而成的活菌制品；生物無機肥是有益微生物與經無害化處置的無機物料（畜禽糞便、農作物秸稈等）復合而成的活菌制品。菌劑、菌肥的區別在于商品中營養物質及無機物料的含量，運用中需結合理論需求選擇對路商品。

3、以爲一種商品中菌的種類越多、菌種數量越大越好微生物肥料的運用效果會遭到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易構成菌種間的拮抗，影響效果發揚。數量不能代表全部，不但要看菌數量，還要看有效活菌的數量，運用后起作用的只需活菌，有益活菌數量越大效果會表現越好。影響商品運用效果的要素除了菌的種類及數量外，菌的純度至關重要，當商品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影呼使用，市場上少數不合格商品中會含有致病菌，本意是用有益菌修復土壤，運用了不合格品種，反而會惹起致病菌繁衍，招致病害發作。

4、以爲運用一次就可以，一次運用作用可持續多年部分微生物施入土壤后會大批繁衍，當數量抵達一定程度后就會成爲優勢菌群，但隨著外部環境的改動，如化肥的超量運用、殺菌劑的運用、高溫悶棚等都會招致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續堅持有益菌群的地位，就需求在作物的生暫時多次運用微生物肥料來補充有益菌。

5、不注重菌的種類，以爲一種菌可以處置多種成果菜農在選購微生物肥料時只注重是不是含菌，而不關注菌的種類，缺乏對癥用菌的看法，運用了不對癥的菌品種，商品效果難以發揚，難以抵達用戶目的。現階段在農業部獲得登記的微生物品種有根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、無機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑。

6、微生物肥料可以替代化肥土壤肥力由生物肥力、化學肥力、物理肥力三部分組成，運用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以間接促退步學肥力和物理肥力的提高。運用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料使用率，添加部分化肥的投入。

二、微生物肥施用上的誤區：不只在對微生物肥料看法上存在誤區，在運用進程中也異常存在誤區，而在運用時沒有避開這樣的誤區就會構成微生物肥料沒有效果。運用中存在的誤區有以下三個方面：

1、與殺菌劑混用，降低活性微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺細菌藥劑混合運用且長時間放置，極易影響菌的活性降低并構成部分菌死亡。

2、注重運用，輕視運用量運用微生物肥料商品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物種類單一、數量龐大，接種的外來有益菌要構成優勢菌群，需求閱歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，爲了促進有益菌的繁衍需求人爲創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度；增施無機肥，提高土壤物理肥力；添加微生物菌的數量等。

3、運用時期掌握不當多數微生物怕紫外線、高溫，所以土壤表層撒施、高溫強光下噴霧運用一定沒有效果。做底肥、溝施、穴施、灌根運用時采取局部用肥的方法更有利于肥效的發揚。不同類型的微生物菌劑不要亂用。比如用于糞肥發酵的菌劑中主要含量嗜熱菌、厭氧菌等，可以順應糞肥發酵時發作的高溫環境，而運用普通的菌劑或菌肥不只沒有效果還會構成資金糜費。